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Il microscopio elettronico a scansione (SEM) usa gli elettroni come fonte di illuminazione al posto della luce (microscopio ottico) consentendo così di ottenere una maggiore risoluzione.

       

Il SEM associato all'EDS è utilizzato principalmente per lo studio e l'analisi dei minerali e vetri componenti i prodotti effusivi ed esplosivi del vulcano Etna e Stromboli. Inoltre è ampiamente utilizzato per lo studio morfoscopico delle ceneri.